Umr Marbec
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PHENOMIX

Dans ce projet, l'objectif est de tester et de valider la sélection génomique sur différent jeux de données déjà acquis dans des projets antérieurs

Objectifs

Jeux de données déjà acquis : un jeu de données "Truite", incluant des spectres obtenus par spectroscopie RAMAN (projet FEAMP OmegaTRUITE) avec des génotypes profonds (puce Axiom 57k Truite) et des phénotypes pléthoriques (rendements, couleur, acides gras, croissance…). Un jeu de données "Huitre creuse", incluant des spectres obtenus par spectroscopie RAMAN (projet FEAMP) avec des génotypes profonds (puce Axiom 57k Huitre) et des phénotypes pléthoriques (rendements, couleur de coquille, teneur en matière grasse, croissance…). Un jeu de données "Daurade", incluant là aussi des spectres obtenus par spectroscopie RAMAN (projet UE AquaIMPACT) avec des génotypes profonds (puce Axiom 57k Daurade) et des phénotypes plétoriques (rendements, couleur, acides gras, croissance…). Les objectifs scientifiques spécifiques du projet seront de comparer la précision des prédictions phénomiques et génomiques, de tester la combinaison des deux, d'évaluer la corrélation des matrices génomiques et spectrales, de tester les effets de raréfaction et de pondération (sélection des longueurs d'ondes les plus héritables). Enfin la possibilité de prédire les assignations parentales sera testée. Ce projet est ambitieux car ce sujet a émergé très récemment dans le paysage scientifique. Cependant cette méthode de prédiction phénomique est prometteuse et a déjà été démontrée chez les espèce végétales annuelles et pérennes (Rincent et al 2018).

Durée du projet : 2020-22 (36 mois)
Coordination Internationale : S. Brard-Fudulea
Zone géographique : 
Financement : FEAMP
Budget global : 500 k€
Montant pour Marbec : 60 k€
Coordinateur Marbec : François Allal
Partenaires :
SYSAAF (coordinateur), CNRS, INRAE, Source de la Vance
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