La raison d’être de l'UMR Marbec est de produire et diffuser des connaissances, former des scientifiques et fournir des expertises dans le domaine de la biodiversité marine et ses usages, principalement en Méditerranée et dans les écosystèmes marins tropicaux.

L'UMR repose sur une gouvernance caractérisée par la mise en place d’un cadre de travail stimulant pour la recherche, avec le respect du rôle de chacun, des prises de décision collégiales, un budget dans les mains de tous les membres de l’UMR, et l’absence de structures verticales de type équipes afin de faciliter les synergies scientifiques. L’UMR repose sur 4 valeurs fortes qui guident sa gouvernance et contribuent au bien-être individuel et collectif dans un cadre professionnel de recherche : liberté, responsabilité, équité, confiance.

L’UMR MARBEC a quatre tutelles principales (IRD, Ifremer, Université de Montpellier, CNRS) et une tutelle secondaire (INRAE). Cinq agents du CUFR de Mayotte ont leur affectation recherche dans MARBEC via l’Université de Montpellier.

Son activité de recherche se déploie autour de six ambitions définies en fonction des enjeux de Société liés à la biodiversité marine et ses usages :