L'objectif appliqué est la validation des méthodes de sélection génomique chez le bar (Dicentrarchus labrax) et la daurade (Sparus aurata) pour la résistance à des pathogènes majeurs, VNN pour le bar et pasteurellose pour la daurade. Le choix de ces pathogènes est dicté par les résultats obtenus par Ifremer et ses partenaires dans le projet FUI Re-Sist où une variabilité de résistance au VNN majeure a été mise en évidence dans les populations sauvages de bar, mais aussi une grande variance intra-souche laissant espérer, avec une héritabilité significative (h²=0.30), une amélioration de la résistance des populations d'élevage. Grâce à un croisement spécifique et la puce HD que nous souhaitons développer ici, nous pourrons détecter s'il existe, un ou des gènes majeurs de résistance à ce pathogène chez le bar. Pour atteindre ces objectifs, nous avons défini 8 étapes (tâches) :
- Tâche 1 : Séquençage du génome de la daurade (Get-Plage et SIGENAE) ; chez le bar, nous disposons déjà d'un génome de référence de bonne qualité.
- Tâche 2 : Recherche de variabilité génétique par re-séquençage de bars et de daurades (CNRS) ;
- Tâche 3 : Définition d'un panel de 57 000 marqueurs (28 500 pour le bar et 28 500 pour la daurade) pour la création d'une puce Affimetrix HD mixte bar et daurade (Ifremer)
- Tâche 4 : Elevage des lots expérimentaux (Ifremer, FMD, EMG)
- Tâche 5 : Challenges pathologiques (ANSES)
- Tâche 6 : Génotypage HD (Gentyane)
- Tâche 7 : Analyses génétiques des données pour estimation des valeurs génétiques et identification de marqueurs associés à la résistance (GWAS, GBLUP, QTL) (SYSAAF, Ifremer)
- Tâche 8 : Définition de panels de marqueurs LD pour estimer les rapports coût/efficacité de méthodes de sélections génomiques intra-famille ou allégée ou assistée par marqueurs (SYSAAF, Ifremer).
