Les lagunes méditerranéennes font aujourd’hui face à de multiples pressions anthropiques aussi bien régionales que globales. Cela se traduit par des modifications de la structure, du fonctionnement et des services rendus par ces écosystèmes. Comprendre la réponse future des communautés biologiques lagunaires représente donc un sujet majeur pour définir des actions de conservation efficaces pour préserver ou restaurer ces écosystèmes. Le metabarcoding est aujourd’hui utilisé comme un outil intégratif permettant de caractériser la biodiversité à partir de l’ADN environnemental (ADNe). Cet outil, couramment utilisé en milieu marin, n’est à ce jour pas développé pour les macrophytes alors qu’ils assurent un rôle essentiel dans la formation d'habitats pour de nombreuses espèces. Ce projet vise à développer des méthodes basées sur l'ADNe pour évaluer la diversité des macrophytes et de leur microbiome, indicateur potentiel de l’état de santé de l’hôte. Le projet MACDNA s’attachera spécifiquement à (1) évaluer la performance d’outils moléculaires pour identifier les macrophytes, (2) caractériser le microbiome associé à l’état physiologique des macrophytes et (3) optimiser la stratégie d’échantillonnage in situ et les outils de capture de l’ADNe pour les macrophytes dans les lagunes méditerranéennes. Basé sur des approches expérimentales et in situ, le développement de méthodes moléculaires pourrait permettre à terme d'anticiper les changements de régime de ces écosystèmes et aider à mettre en œuvre des mesures de gestion préventives.
Le projet MacDNA vise à développer un outil complémentaire aux approches de reconnaissance morphologiques, basé sur l’ADNe, pour détecter de manière précoce des modifications de l’environnement lagunaire (1) en identifiant les espèces de macrophytes émergentes/nouvelles ou rares et (2) en caractérisant le microbiome associé aux macrophytes (compartiment biologique indicateur potentiel avant déclin)
