Les lagunes côtières méditerranéennes sont souvent définies comme des écosystèmes homogènes qui abritent de nombreuses espèces migratrices et sédentaires. Elles abritent pourtant de forts gradients de salinité, des variations de profondeur et des communautés végétales très diverses, qui créent une hétérogénéité à petite échelle au sein des lagunes. C'est pourquoi chaque lagune doit être décrite comme une entité à elle seule composée d'une multitude de caractéristiques homogènes, appelées habitats, qui soutiennent des fonctions écologiques spécifiques aux organismes (nurserie, alimentation, protection contre les prédateurs ...). Bien que de nombreuses études aient abouti à la collecte d'un grand nombre de données physiques, chimiques et biologiques dans les lagunes côtières méditerranéennes, il existe actuellement un manque de connaissances sur la répartition spatiale de ces habitats. La première phase du projet (2019-2021) a permis de développer une nouvelle classification des habitats adaptée aux lagunes côtières méditerranéennes cohérent avec le système EUNIS (European Nature Information System). Sur la base des données physiques, chimiques et biologiques collectées dans 36 lagunes méditerranéennes permanentes françaises depuis les années 2000, 224 habitats ont été cartographiés dans l'ensemble des lagunes méditerranéennes côtières françaises, dont 1 à 24 habitats différents par lagune. Cette cartographie des habitats (échelle 1: 100 000) met en évidence la mosaïque des habitats existants au sein des lagunes côtières méditerranéennes françaises considérées jusqu'à présent comme relativement homogènes. La phase 2 du projet CHAMILA (2022-2023) est structurée autour de quatre actions majeures qui permettront de fiabiliser ces cartographies d’habitats : l’acquisition de données complémentaires, l’actualisation des cartographiques d’habitats existantes, la quantification des incertitudes et la production d’un guide communiquant à destination des acteurs locaux impliqués aussi bien dans la gestion des territoires que dans l’acquisition de données futures. La définition structurelle de ces habitats représente un premier pas vers la définition d'habitats fonctionnels pour les organismes fréquentant les lagunes méditerranéennes (cf projets MALAG, NURSE, INPOLAG).
Le projet CHAMILA vise à établir une cartographie actualisée des habitats au sein des lagunes méditerranéennes françaises