Umr Marbec

ROME

ROME

Réseau d'Observatoires de Microbiologie Environnementale intégrée

Etudier les dynamiques spatio-temporelles des communautés de virus, bactéries et micro-algues et les espèces toxiques et pathogènes potentiellement émergentes de l’écosystème marin côtier français.
DESCRIPTION : 

2020 - En cours

Nouvellement créé en 2020, le Réseau d’Observatoires de Microbiologie Environnementale intégrée (ROME) de l'Ifremer vise à mieux étudier les dynamiques spatio-temporelles des communautés de virus, bactéries et micro-algues et les espèces toxiques et pathogènes potentiellement émergentes de l’écosystème marin côtier français.

MARBEC est impliqué dans le pilotage, les échantillonnages et les filtrations des suivis effectués sur le site Thau au droit de l’exutoire du cours d’eau La Vène et à l’angle sud-est du secteur conchylicole de Bouzigues.

Coordinateurs scientifiques de l'ensemble du réseau : Raffaele Siano, Lea Marty (Ifremer).

Coordinateurs scientifiques MARBEC :

Ambition concernée : ambition 1 - Dresser l’état des lieux de la biodiversité marine.Dispositifs concernés :
1- Dispositif d'Observation in situ (DOS)
2- Dispositif d’Analyses en Laboratoire (DAL).
© Ifremer, C. Gianaroli, O. Serais, Prélèvement d’eau au point "Bouzigues a" pour le projet ROME

 

Accès données : 
INTÉRÊT SCIENTIFIQUE : 

Les finalités de ROME sont à la fois de : i) recherche scientifique, ii) développement de nouvelles approches, iii) production de nouvelles données qui pourront venir en appui aux politiques publiques. ROME est basé sur un réseau d’observatoires côtiers de l’Ifremer ; quatre sites ont été choisis dans un premier temps : la baie des Veys, la rade de Brest, Marennes-Oléron et la lagune de Thau.

Emprise géographique : quatre sites ont été choisis dans un premier temps : la baie des Veys, la rade de Brest, Marennes-Oléron et la lagune de Thau.

Date et fréquence d’acquisition : Les sites, positionnés dans le continuum terre-mer, sont échantillonnés tous les 15 jours pour les points eaux "apports du large et anthropiques" et tous les mois pour les huîtres.
Paramètres suivis : L’objet d’observation et des recherches de ROME est le microbiome de l’écosystème marin côtier dans des zones à plus ou moins fort impact anthropique. Le microbiome est représenté par les communautés d’organismes unicellulaires marins, à la fois procaryotes et eucaryotes, qui incluent les virus, les bactéries et les protistes marins. Ces communautés contiennent des micro-organismes pathogènes pour l’homme ou pour les organismes marins destinés à la commercialisation. ROME ne cible pas exclusivement ces espèces mais les communautés microbiennes dans leur complexité afin d’élargir le spectre d’observation des microorganismes du littoral, des espèces aux communautés.
Métrologie : ROME utilise des approches d’analyse par metabarcoding de l’ADN environnemental (ADNe) pour les communautés des bactéries et des protistes dans tous les échantillons, et de metagénomique pour l’analyse du virome à partir des échantillons de bivalves. L’ADNe extrait à partir des échantillons est stocké après analyse pour constituer une banque de biodiversité des micro-organismes de l’écosystème côtier. Cette ressource pourra être exploitée pour des recherches plus spécifiques et en vue des futurs développements des technologies d’analyse de l’ADN environnemental.
© Ifremer, Anaïs Crottier (Ifremer) et Christine Felix (UM), extractions d’ADN des échantillons du site Thau, puis amplifications par PCR des régions ciblées de l’ADNr 16S et 18S.

Autres observatoires

MEDITS

MEDIterranean Trawl Survey



Campagne de pêche scientifique sur les espèces démersales (Méditerranée et Mer Noire).

OB7

Observatoire des Ecosystèmes Pélagiques Tropicaux Exploités



Dans le cadre de l’Approche écosystémique des pêches, l’Ob7 a mis en œuvre un système d’information pour la gestion et l’analyse des données, avec des collaborations scientifiques au Nord et […]

PELMED

PELagiques MEDiterranée



SIH-Ressources-Campagnes à la mer. Campagne d’évaluation acoustique et de pêche d’identification avec pour but principal l’évaluation des stocks de petits pélagiques (anchois, sardines).

ReefTEMPS

Réseau d’observation des eaux côtières du Pacifique insulaire



Réseau de 104 plateformes sur le domaine côtier d’une vingtaine de territoires et états insulaires à l’échelle du Pacifique Sud, Sud-Ouest et Ouest.

Benthobs

Service National d’OBServation de la macrofaune BENTHique




CALOR

Suivi de la température en Méditerranée Française




COAST_HF

Coastal ocean observing system - High frequency



Réseau qui vise à fédérer et coordonner à l’échelle du littoral français un ensemble de plateformes fixes instrumentées de mesures in situ hautes fréquences pour des paramètres clés des eaux […]

Ecoscopa

Réseau d'Observations Conchylicoles




EMERGTOX

EMERGence des bioTOXines marines dans les coquillages




MIKAROKA

Observatoire de la biodiversité marine côtière et de ses usages à Madagascar




OBSVENTES (SIH-Ressources)

Observation des ventes



Mesure périodique de la taille des individus des principales espèces en criée et aux points de débarquement, en tenant compte des appellations commerciales pratiquées sur les lieux de vente.
Obtenir des informations sur les paramètres biologiques des principales espèces évaluées

PHYTOBS (Station SOMLIT)

Réseau d’Observation du Phytoplancton



Le Système National d’Observation (SNO) PHYTOBS est un réseau national de 25 sites d'observation du phytoplancton sur les côtes françaises (méthode de comptage par microscopie aux fréquences bi-mensuelle ou mensuelle).

PISCIS

Réseau de suivi des assemblages ichtyologiques en Méditerranée Française




REMI

Réseau de contrôle microbiologique des zones de production conchylicoles.



Surveillance sanitaire microbiologique des zones de production de coquillages classées par arrêté du préfet du département

REPHY

Réseau d’Observation et de Surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie dans les eaux littorales.



Connaissance de la biomasse, de l’abondance et de la composition du phytoplancton marin des eaux côtières et lagunaires, ainsi que du contexte hydrologique afférent.

REPHYTOX

REseau de surveillance des PHYcoTOXines dans les organismes marins



Recherche et suivi des toxines susceptibles de s’accumuler dans les mollusques bivalves des zones conchylicoles classées par l’Administration et exploitées par les professionnels

ROCCH

Réseau d'observation de la contamination chimique du littoral



Répondre aux obligations nationales, communautaires et internationales de surveillance chimique.

ROME

Réseau d'Observatoires de Microbiologie Environnementale intégrée



Etudier les dynamiques spatio-temporelles des communautés de virus, bactéries et micro-algues et les espèces toxiques et pathogènes potentiellement émergentes de l’écosystème marin côtier français.

SELAMAT observatory

The Indonesian national observation network for fieldwork and monitoring of sentinel species and ecosystems




SOMLIT

Service d’Observation en Milieu LITtoral



Examiner les changements des systèmes côtiers sur le long terme, et quantification des influences de la variabilité climatique.

CONNECT-MED

Connectivité des poissons côtiers sur le littoral méditerranéen



Mieux comprendre la connectivité de quatre espèces côtières, la daurade royale, le loup, le muge et la saupe

DCE-LAG

Surveillance DCE lagunes, programme de surveillance de la Directive Cadre sur l’Eau



Diagnostic de l’état écologique et chimique des lagunes méditerranéennes poly- et eu-halines (salinité moyenne >18 PSU).

NOURMED

NOURriceries MEDiterranée



L'objectif est de déterminer et suivre l’état écologique des nourriceries côtières des fonds meubles du golfe du Lion.

OBSLAG

OBServatoire des LAGunes méditerranéennes



Compréhension des processus de restauration ou de dégradation lagunaire, et pour avoir une vision plus exhaustive du "risque pesticides" en lagune.

Suivi aérien du thon rouge

Indice d’abondance pour les thons rouges juvéniles de Méditerranée



Expertise halieutique, évaluation de stock de thon rouge.

REC-THAU

Système d'Observation de Recherche en Environnement Côtier Thau.



L’objectif du SO REC-THAU est de suivre l’évolution sur le long terme (i) des apports de bassin versant à la lagune de Thau.

Station Hydro-météo Thau

Acquisition Haute Fréquence de paramètres hydro-météo



Archivage des données acquises par les les-observatoires et/ou programmes de recherche.

Station météo Thau

Acquisition de paramètres météo pour la modélisation ou la recherche



Acquisition de paramètres météo pour la modélisation ou la recherche.

Suivi-Thau

Suivi de la lagune de Thau



Suivre l’évolution sur le long terme (i) des apports de bassin versant à la lagune de Thau.
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