Umr Marbec
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  • Jean-Christophe Auguet

First Name :
Jean-Christophe
Last Name :
Auguet
Email :
Téléphone bureau :
04 67 14 36 75
Organisme :
CNRS
Grade / Titre :
CRCN
Lieu géographique :
Montpellier
Gouvernance :
Direction
Ambitions :
Dresser l’état des lieux de la biodiversité marine, Comprendre et modéliser le fonctionnement et l’évolution des organismes et des écosystèmes marins, Proposer des outils de conservation de la biodiversité marine et anticiper les risques émergents
Dispositifs :
DAL
Disciplines :
Biologie moléculaire, Ecologie des populations et des communautés, Ecologie microbienne
Modèles biologiques :
Bactéries et archées
Ecosystèmes :
Ecosystèmes côtiers et littoraux, Ecosystèmes coralliens
Zones d'études :
Océan Indien ouest, Océan Pacifique tropical ouest
Biographie :

Ma recherche se concentre sur les causes et les conséquences de la biodiversité microbienne. Plus précisément, je m’attache dans un premier temps à étudier les facteurs historiques et contemporains structurant les communautés microbiennes dans des espaces hétérogènes et changeants (i.e. dynamiques temporelles, changements globaux). Depuis ma thèse réalisée à l'université de La Rochelle, j’ai toujours appliqué ces questions à l’étude des communautés microbiennes libres, mais depuis ma mobilité en 2015 dans l’UMR MARBEC, je les applique également à l’étude des holobiontes (entité biologique formé de l’hôte et son microbiome associé) marins. Dans un deuxième temps, je m’intéresse aux conséquences des variations de diversité et structure de communautés sur les fonctions et services écosystémiques portés par ces dernières (i.e. dégradation de la matière organique, nitrification, bioremédiation). Mon modèle de prédilection est une branche peu connue de l’arbre de la vie : les archaea. Cependant, l’évolution des techniques de séquençage permettant maintenant une étude holistique de la biodiversité, je m’intéresse de plus en plus aux interactions entre toutes les branches du vivant.
Plus récemment, j'ai commencé à développer des approches de types one heath afin d'étudier la circulation des pathogènes et des gènes de résistance aux antibiotiques en mileu côtier exploité et notamment au Vietnam et à Madagascar.


 

Enseignement :

Depuis 2015 et mon arrivée à l’université de Montpellier, je m’investis essentiellement dans des enseignements d'écologie microbienne au niveau des masters DARWIN-BEE (Biologie, écologie et évolution) et IMHE (Interactions microorganismes – hôtes et environnements).


Depuis 2016, Je m’investis également dans l’organisation d’écoles thématiques en écologie microbiennes en Asie du Sud Est :




  • ASIAME (2013, 2017, 2022) (https://sites.google.com/view/asiame2/home?authuser=0) est une école thématique destinée à apporter à de jeunes écologues d'Asie du Sud et du Sud-Est une base solide en écologie microbienne aquatique, à la fois sur les aspects théoriques et méthodologiques. Nous visons également à mettre en réseau la communauté scientifique naissante pour favoriser les interactions et l'émergence de collaborations de recherche entre les pays d'Asie du Sud et du Sud-Est. Cette école se déroule sur deux semaines, réunit une quarantaine de personnes (25 étudiants et 15 conférenciers) et fusionne communication, formation, analyse de données, préparation de projets de recherche et collaborations futures. La prochaine édition se tiendra à Quy Nhon (Vietnam)

  • Microbial Marine genomics est une école thématique de 25h répartis sur 4 jours destinée aux jeunes chercheurs Vietnamiens. Les conférences et « computer labs » portent uniquement sur les nouvelles technologies de séquençage, leur utilisation pour l’analyse de la biodiversité microbienne et les méthodes biostatistiques permettant d’analyser ces données. Les deux premières éditions ont eu lieu à Hanoï (2018) et Nha Trang (2019). La prochaine édition se tiendra à l’USTH (University of Science and Technology of Hanoï (Vietnam).

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