Envoi des candidatures (CV + lettre de motivation) avant le 31/01/2026, à christine.felix@umontpellier.fr
Durée du stage de 4 à 6 mois, début mi-mars 2026
Contexte scientifique :
La ciguatera (CG) est une maladie induite par les ciguatoxines (CTX), phycotoxines parmi les plus nocives des toxines naturelles. Elles sont produites par les dinoflagellés benthiques tropicaux et sub-tropicaux des genres Gambierdiscus et Fukuyoa se développant en épiphyte, notamment sur des gazons algaux recouvrant des coraux morts, ou sur des macroalgues. La CG est l’intoxication alimentaire non bactérienne transmise par les produits de la mer la plus fréquente au monde.
Le sujet proposé s’inscrit dans un projet de recherche EXPOSUM EXALTOX, dont le but est de rechercher les impacts des ciguatoxines sur la biologie, l'écologie, l'économie et la santé. La recherche des biotopes colonisés par les dinoflagellés ciguatériques a été réalisé en échantillonnant les gazons coralliens et les macroalgues sur 3 sites (Ile Maurice, Mayotte, et Indonésie). La diversité des genres Gambierdiscus et Fukuoya, a été déterminée à l'aide de techniques de microscopie optique et SEM.
Objectif du stage :
En complément des techniques de microscopie, l’approche de metabarcoding sur ADN environnemental est envisagé afin de déterminer la composition des communautés présentes dans les échantillons d’ADNe (100aine d’échantillons d’ADNe)
Le projet du stage consistera à :
- Réaliser les PCR 16S et 18S sur les échantillons d’ADNe
- Mettre au point la technique de qPCR à l’aide d’amorces spécifiques
- Analyser les données de metabarcoding afin d’évaluer la diversité des espèces de dinoflagellés toxiques dans l'environnement.
Profil recherché :
Le candidat idéal aura une double compétence en biologie moléculaire et bio-informatique.
- Connaissances et compétences en techniques en Biologie Moléculaire (extraction d'ADN, PCR, qPCR, metabarcoding)
- Analyse Bio-Informatiques des données de metabarcoding (analyses de diversité α et β, modélisation de niche écologique) et interprétation écologique des résultats
- Qualités rédactionnelles (fiches de protocoles, compte-rendu des résultats, cahier de laboratoire…)
- Anglais (lecture de publication, rédaction de protocoles …)
- Capacités au travail en équipe
- Respect des protocoles définis, de la planification des tâches, des consignes
- Autonomie, rigueur, organisation, curiosité