- Titre du stage
Stage master II. Evaluation de l'efficacité d’un échantillonneur passif d'ADN environnemental pour la caractérisation et la surveillance sanitaire des micro-algues nuisibles.
- Nom du maître de stage
Dr Jean-luc ROLLAND
-Affiliation
Ifremer
-Coordonnées
Jean(point)luc(point)rolland(arobase)ifremer(point)fr
Tel. : (33)4 99 57 61 31
- Lieu du stage
Ifremer, Laboratoire Adaptation et Adaptabilités des Animaux et des Systèmes, Palavas, UMR MARBEC, 87 Avenue Jean Monnet, 34200 Sète, FRANCE.
- Description et objectifs scientifiques du projet
La présence de micro-algues toxiques est connue sur le littoral français depuis les années 1980. La stratégie utilisée pour la surveillance de ces espèces toxiques repose sur la méthode d'Utermöhl (Utermöhl 1931), une combinaison entre un échantillonnage des eaux de sub-surface à l'aide d'une bouteille Hydrobios et une quantification des espèces par microscopie optique. En cas de détection (présence ou dépassement de seuils), des analyses de toxicité dans les coquillages sont réalisées.
Le développement de ces algues toxiques est connu pour être hétérogène dans le temps et l'espace. Ces espèces peuvent émigrer dans la colonne d'eau en fonction des conditions hydrologiques (courant, force et direction des vents) et de conditions écologiques telles que l'accès aux nutriments, l'évitement en tant que proie, la compétition avec d'autres espèces. Certaines de ces espèces peuvent également s’avérer compliquer voire impossible à différencier par microscopie d’espèces non toxiques du même genre. Dans ce contexte l’utilisation d’échantillonneurs ADNe passifs (PEDS), faciles à déployer et à produire, qui ne contiennent pas d’électronique et/ou de batteries coûteuses et fragiles, reproductibles et qui peuvent intégrer le signal ciblé sur une échelle spatio-temporelle, devrait permettre de mieux caractériser la diversité et l'assemblage de ces espèces au sein des écosystèmes et contribuer à améliorer et moderniser les méthodes de surveillance actuelles.
Ce stage s’inscrit dans un projet de recherche (CPAMOI, Carnot MERS 2026-2027) qui vise à contribuer à faire la preuve de concept quant à la possibilité de substituer les méthodes actuelles d'investigation, d’observation et de surveillance environnementale des microorganismes marins nuisibles et pathogènes (micro-algue, bactérie et virus) par l’utilisation de capteurs ADNe passifs couplés à une analyse moléculaire.
- Quelques références bibliographiques majeures sur le sujet
Belin C, Soudant D, Amzil Z (2021). Three decades of data on phytoplankton and phycotoxins on the French coast: Lessons from REPHY and REPHYTOX. Harmful Algae. Feb:102:101733. doi: 10.1016/j.hal.2019.101733
Brenckman C.M Jayalakshmamma M.P , Pennock W.H,Ashraf F and Borgaonk A.D (2025). A Review of Harmful Algal Blooms: Causes, Effects, Monitoring, and Prevention Methods. Water. 17(13), 1980; https://doi.org/10.3390/w17131980
MedetianD, Delnatte A, Cambedouzou J, Clair P, Cornu D, Duhamel Y, Dutto G, Bechelany M, Geoffroy T, Rolland jl, Miaud C (2025). A Passive Environmental DNA Sampler for Aquatic Biodiversity Detection Tested in Marine Mesocosms. Environmental DNA, 2025; 7:e70183. https://doi.org/10.1002/edn3.70183
Murakami H, Yoon S, Kasai A, et al (2019) Dispersion and degradation of environmental DNA from caged fish in a marine environment. Fish Sci 85:327–337. https://doi.org/10.1007/s12562-018-1282-6
Zulkefli NS, Kim K-H, Hwang S-J (2019) Effects of Microbial Activity and Environmental Parameters on the Degradation of Extracellular Environmental DNA from a Eutrophic Lake. Int J Environ Res Public Health 16:3339. https://doi.org/10.3390/ijerph16183339
- Condition du stage
- Durée : 5 à 6 mois, début janvier ou février au plus tard.
- Moyens techniques et scientifiques mis à disposition de l’étudiant.
- Mise à disposition d’un bureau et d’un ordinateur.
- Accessibilité aux ressources informatiques (accès à la bibliographie en ligne (wos), traitement statistique des données, rédaction du rapport de stage).
- Sorties en bateau à prévoir (déploiement des échantillonneurs passifs in situ).
- Accès aux laboratoires pour les analyses moléculaires (extraction de l’ADNe et analyse d’espèces cibles par qPCR, metabarcoding).
- Profil recherché
- Étudiant(e) de Master 2 en biologie moléculaire, écologie, biotechnologie, ou discipline proche.
- Intérêt pour l’analyse moléculaire (qpcr, metabarcoding).
- Bonne maitrise des outils statistiques.
- Embarquement sur bateau côtier à prévoir (tous les 15 jours).
- Candidature
Les candidatures (CV et lettre de motivation) sont à envoyer à : Jean(point)luc(point)rolland(arobase)ifremer(point)fr.