L’Observatoire des Écosystèmes Pélagiques Tropicaux Exploités (Ob7) de l’IRD est rattaché à l’UMR 248 MARBEC (MARine Biodiversity, Exploitation and Conservation). MARBEC est l’une des plus importantes unités mixtes de recherche en France travaillant sur la biodiversité marine et ses usages. Sous la tutelle de l’IRD, l’Ifremer, l’Université de Montpellier et le CNRS, elle rassemble près de 285 agents, dont 96 chercheurs et enseignants-chercheurs.
L’État français a mandaté l’IRD, à travers l’Ob7, pour le suivi scientifique et statistique des pêcheries thonières tropicales françaises. Les sources de données sont nombreuses et diverses et se matérialisent sous de nombreuses formes allant des journaux de bord remplis par les pêcheurs, des échantillonnages au port et en usine, des données relevées par des observateurs embarqués sur les navires de pêche, des campagnes scientifiques de marquage de grands pélagiques, ou encore les données issues de capteurs embarqués (température, VMS, radar oiseaux…). Tous ces éléments permettent d’étudier le fonctionnement et l’exploitation des écosystèmes pélagiques.
Missions principales :
L’observatoire a développé au cours des 30 dernières années un ensemble d’indicateurs sur les pêcheries thonières tropicales. La production de ces indicateurs repose sur un large catalogue de requêtes SQL et de scripts qui s’appuient sur de multiples bases de données relationnelles. Ces indicateurs sont des éléments importants dans nos processus de validation de la donnée et de la production des rapports d’expertise à destination des scientifiques, des administrations nationales (Ministère) et internationales (CE, ORGP), de nos partenaires ou de manière plus générale à toute personne utilisant les données de l’Ob7.
En collaboration avec l’équipe, l’ingénieur aura pour principale mission l'intégration de ces indicateurs dans des paquets R et participera également à la description des métadonnées associées. Il lui sera demandé d’avoir un regard critique sur ces derniers. De manière secondaire, elle ou il pourra venir en appui à l’équipe en termes de développement sur d’autres projets, comme la création de bases de données régionales ou sur l’interopérabilité entre nos bases et des systèmes existants, par exemple avec celui de l’IFREMER.
Activités :
- Intégrer des codes de différents langages (R, SQL) dans des paquets R en respectant les bonnes pratiques.
- Générer les sorties sous formes graphiques et figures (éventuellement sous R Shiny) en tenant compte de la diversité de l’information (séries de données temporelles, données spatialisées, etc.)
- Adapter les applications informatiques aux besoins de l’équipe
- Gérer et maintenir des outils informatiques partagés au sein de l’équipe et des partenaires
- Diffuser et valoriser les produits développés