Site UMR MARBEC
MARine Biodiversity Exploitation and Conservation
Les mangroves sont des environnements fascinants et des sites d'étude d’une grande importance en raison de leur immense valeur patrimoniale et du grand nombre de services écosystémiques qu'elles fournissent. Ces zones d’interface situées entre terre et mer abritent une grande variété d'organismes
aquatiques (crustacés, poissons, mollusques, annélides, éponges, échinodermes, amphibiens, etc.) qui représentent la partie émergée de l’iceberg de la biodiversité présente dans ces écosystèmes. Une autre composante, invisible, est constituée par les microorganismes, non seulement présents dans l’eau et le sédiment des mangroves mais aussi très abondants et diversifiés au sein du microbiome de la macrofaune locale. Ces microorganismes sont essentiellement représentés par les bactéries et les virus, mais une troisième catégorie, beaucoup moins bien documentée occupe sans doute aussi un rôle important pour la santé et le fitness de ces écosystèmes et des animaux qu’ils abritent : les Fungi. Ceux-ci constituent un règne fondamental de la vie, historiquement associé aux milieux terrestres, mais de plus en plus reconnus pour leur diversité et leurs rôles en milieu aquatique ou semi-aquatique. Dans les mangroves, les études préliminaires semblent montrer qu’ils sont des acteurs essentiels du recyclage des nutriments, de la décomposition des litières, des interactions trophiques, et potentiellement de la stabilisation du carbone, mais leur diversité, leur distribution spatiale et leurs fonctions restent encore très mal documentées.
Dans une approche résolument exploratoire, nous souhaitons donc réaliser un inventaire aussi exhaustif que possible de la diversité taxonomique des Fungi dans les écosystèmes de mangrove sous leurs diverses formes : (planctonique, benthique et entérique). Dans cette perspective, nous avons échantillonné 3 sites de mangrove contrastés en : (1) Guyane Française (Estuaire du Sinnamary), (2) au Sénégal (Delta du Sine-Saloum) et (3) au Vietnam (Estuaire du Fleuve Rouge), dans le but d'identifier les principaux déterminants biophysicochimiques de cette microdiversité, et d’identifier une possible signature biogéographique de ces Fungi. Ce sujet de stage vise notamment à explorer la diversité de ces communautés (eg, le Mycobiome) présentes dans l’eau, le sédiment, mais aussi dans le microbiote intestinal des poissons collectés dans les différents sites.
Les échantillons microbiologiques ont été récoltés et séquencés (ARNr fongique, région ITS1 et ITS2) en 2025. Le sujet de ce stage reposera donc essentiellement sur le traitement bioinformatique (barcoding) et biostatistique des séquences de Fungi. Ces travaux nécessitent des connaissances théoriques et pratiques en microbiologie appliquées à l’étude de la biodiversité microbienne. A ce titre, une expérience dans le traitement post-séquences des données issues de NGS (Illumina) d'amplicons serait appréciée, ainsi qu’une bonne autonomie en informatique (OS Linux, R…). La maîtrise de l'anglais, des outils biomoléculaires et statistiques est également souhaitée.
L’étudiant(e) sera basé(e) à l’Université de Montpellier sous la supervision de Yvan Bettarel (DR IRD, UMR MARBEC Marine Biodiversity, Exploitation and Conservation) et de Mathilde Vigneron (cosuperviseur, Doctorante IRD).
Période : Janvier-Juin 2026
Profil recherché : étudiant(e) en Master 2, spécialité Génomique Environnementale, Microbiologie marine, Ecologie microbienne, Océanologie, Bioinformatique, etc.
Les candidatures (CV, lettre de motivation) sont à envoyer avant le 16 Novembre à :
Yvan Bettarel (yvan.bettarel@ird.fr) & Mathilde Vigneron (mathilde.vigneron@ird.fr).