Stage de Master 2 en 2026
Titre du Stage : Guide et diversité des invertébrés benthiques de Méditerranée, Atlantique, Manche et Mer du Nord
Formation : Formation supérieure en taxonomie, écologie marine & biologie des organismes marins Niveau : Master 2
Période : février-juillet 2024 (durée de 5 à 6 mois)
Institut et laboratoire d’accueil : IFREMER Centre Atlantique – UMR DECOD, unité IFREMER HALGO https://www.umr-decod.fr/fr
Encadrants principaux : Pascal Laffargue (Cadre de recherche, Ifremer-HALGO-EMH, Ecologie benthique) Sandrine Vaz (Cadre de recherche, UMR MARBEC, Ecologie marine).
Résumé :
Un effort significatif est mené depuis maintenant plusieurs années pour développer une observation des communautés invertébrés benthiques des plateaux continentaux de la Méditerranée et de l’Atlantique Nord-Est en bénéficiant du réseau européen d’observation des campagnes halieutiques (MEDITS, EVHOE, LANGOLF, NURSE, IBTS et CGFS ; https://campagnes.flotteoceanographique.fr).
Ces observations alimentent des connaissances fondamentales sur la distribution (e.g. Laffargue et al. 2014, Millot et al. 2024) et les processi écologiques liés aux organismes benthiques de cette région (e.g. Outrequin et al. 2025). Les données recueillies participent au développement d’indicateurs d’état et d’évolution des communautés notamment dans un contexte de pressions anthropiques régionales (e.g. pêche, Beauchard et al. 2021, Jac et al. 2020) ou climatiques (e.g. Millot et al. 2024). La diversité des habitats parcourus par les campagnes, de la côte aux limites des plateaux continentaux, conduit à une grande diversité d’espèces invertébrés observée qui s’est fortement accrue au cours des années d’observation en lien à la fois avec l’effort d’échantillonnage, l’augmentation des zones suivies mais aussi de la précision des identifications.
L’acquisition de données exploitables suppose en amont des référentiels taxonomiques et des guides d’identification standardisés afin d’assurer des observations normées de qualité mais aussi pour permettre la formation des observateurs embarqués. Ces supports d’observation doivent répondre à la fois à des exigences de rigueur scientifique tout en fournissant un outil adéquat aux conditions d’observations à bord et aux niveaux de compétences variés des observateurs. Ces observations ont déjà fait l’objet d’un guide d’identification dédié (Martin 2011) couvrant de nombreux taxa mais bien en deçà de la diversité actuellement observée sur les campagnes avec plusieurs centaines de taxa inventoriés. Ces « nouvelles » espèces font l’objet de guides spécifiques par façade. Le caractère disparate de ces guides ou encore l’iconographie incomplète les rendent inadaptés aux critères nécessaires pour assurer une observation de qualité.
Le principal objectif du stage est une mise à jour et harmonisation des guides d’identification des invertébrés benthiques. Au-delà d’une simple compilation, il s’agit de mettre à jour le contenu et notamment l’iconographie du futur guide en identifiant les meilleurs critères et supports d’identification. Les travaux supposent de mettre à profit des compétences en taxonomie pour développer une approche et des outils para-taxonomiques pour l’identification sur le terrain. A ces compétences thématiques s’ajoutent des compétences techniques visant à développer un guide à la fois précis mais aussi présentant un format synthétique et didactique.
Le stage proposé s'articule ainsi autour de 5 objectifs majeurs :
1) Compilation, mise à jour et vérification des listes d’espèces d’invertébrés benthiques observées sur les campagnes halieutiques des façades métropolitaines. Comparaison des contenu des guides et des espèces enregistrées dans les bases de données et identification des manques.
2) Compilation/Vérification de l’iconographie disponible au regard de la liste de taxa à considérer mais également des critères taxonomiques et caractères macro-morphologiques spécifiques ; constitution d’une base de données d’images avec métadonnées ; Identification des compléments d’illustration nécessaires
3) Identification et caractérisation des espèces avec fort risque de confusion ; vérification et compilation des caractères de distinction
4) Réflexion autour d’une version numérique « moderne » du guide proposant des solutions techniques aidant à la recherche d’espèces (moins linéaire, critères de recherche par groupes, types morpho, proposition d’espèces proches ou potentiellement confondues …)
5) Développement du guide pour quelques groupes cibles.
Le/la stagiaire sera accueilli au sein de l’UMR DECOD à l’Ifremer de Nantes , sous la direction de Pascal Laffargue . Ce stage s’effectuera en collaboration avec Sandrine Vaz (Laboratoire Ifremer LHM de Sète), Aurélie Foveau (laboratoire IFREMER LERNB de Dinard) et Gabin Droual (laboratoire IFREMER/DYNECO de Brest).
Le/la stagiaire s’appuiera sur l’expertise des encadrants principaux des laboratoires impliqués.
Le centre Ifremer de Nantes offre par ailleurs les moyens en informatique et un accès à l’ensemble des publications scientifiques nécessaires au déroulement du stage (ex. abonnements en ligne aux revues scientifiques majeures en écologie marine).
Compétences souhaitées :
- Niveau Master II en écologie générale, écologie marine, biodiversité
- Compétences taxonomiques avec une spécialisation ou motivation pour les organismes invertébrés marins
- Maîtrise des outils informatiques (office word, adobe acrobat, outil xper ou autre)
- Rigueur et sens de l’organisation
- Capacité à travailler en équipe
- Langue anglaise (lecture de guides et articles scientifiques, rédaction)
Pour candidater : merci d’adresser par mail un CV, accompagné d’une lettre de motivation à : pascal.laffargue@ifremer.fr
Liens / références Bibliographiques :
Jac, C., et al. (2020). "Detecting adverse effect on seabed integrity. Part 1: Generic sensitivity indices to measure the effect of trawling on benthic mega-epifauna." Ecological Indicators 117: 106631 Martin, J. (2011). Les invertébrés du golfe de Gascogne à la Manche orientale. Nantes.
Millot, J., et al. (2024). "Habitat shifts of the vulnerable crinoid Leptometra phalangium under climate change scenarios." Progress in Oceanography 229: 103355.
Outrequin, T., et al. (2025). "Mesoscale assemblages of fish and megainvertebrates as evidence of benthiscapes on continental shelves." Journal of Marine Systems 250: 104088.
Beauchard, O., et al. (2021). "A generic approach to develop a trait-based indicator of trawling-induced disturbance." Marine Ecology Progress Series 675: 32-52.
Laffargue et al. (2014) ATLAS BENTHAL - Atlas des espèces invertébrés benthiques observées par les campagnes halieutiques. https://sextant.ifremer.fr/Ressources/Liste-des-catalogues-thematiques/ATLAS- BENTHAL-Atlas-des-especes-invertebres-benthiques-observees-par-les-campagnes-halieutiques