Lieu du stage : Université de Montpellier, MARBEC
Période : Du 25/05/2023 au 25/07/2023. Les dates de début et en particulier de fin du stage peuvent être discutées.
Conditions matérielles : Ce stage d'une durée inférieure ou égale à 2 mois ne sera pas rémunéré.
Contexte du stage : L'équipe dans laquelle l'étudiant sera intégré travaille notamment sur la dispersion des poissons coralliens durant leur phase larvaire, un processus essentiel pour assurer les brassages génétiques et le renouvellement des populations. L'identification des zones sources de larves et des couloirs de dispersion principaux à des échelles régionales est donc nécessaire pour mettre en place des stratégies de conservation efficaces des poissons coralliens par ailleurs très menacés par le changement climatique et les impacts anthropiques côtiers. A terme, l'équipe a pour objectif d'évaluer l'efficacité actuelle et future des réseaux d'Aires Marines Protégées (AMP) en zone tropicale à maintenir les flux larvaires principaux.
Objectif du stage : Pour mettre en place des modèles de dispersion larvaire multi-spécifiques à la fois parcimonieux et à la fois réalistes, plusieurs paramètres biologiques/écologiques/comportementaux doivent être mesurés. En particulier la durée de vie larvaire, ou PLD (Pelagic Larval Duration), est un paramètre essentiel pour paramétrer les modèles, puisqu'elle aura un fort impact sur les patrons de dispersion potentiels.
La majeure partie du stage consistera donc à déterminer l'âge d'une grande diversité de larves échantillonnées au moment de leur recrutement sur la côte en Guadeloupe (et peut être à la Réunion), qui ont déjà pu être identifiées et conservées. L'âge sera estimé grâce aux otolithes des larves qui sont des petites pièces calcaires (entre autre) formées par accrétion journalière. Le comptage des stries permet donc de déterminer le nombre de jour après l'éclosion avec une assez bonne précision. Une base de données de PLD disponible dans la littérature ayant déjà été constituée par l'équipe (637 espèces récifales tropicales pour 1243 mesures) sera utilisée pour déterminer les espèces dont la PLD n'est pas encore connue, et donc sur laquelle le stagiaire travaillera. La lecture des otolithes sera effectuée en binôme avec une stagiaire déjà recrutée, et sera supervisée par les membres de notre équipe spécialisés en otolithométrie et basés au MARBEC de Montpellier.
La seconde partie du stage sera entièrement facultative et dépendra des objectifs d'apprentissage du stagiaire. En effet, le stagiaire aura la possibilité d'aider les encadrants à développer une méthode de prédiction des PLD à l'ensemble d'une famille à partir des quelques mesures disponibles pour certaines espèces (et leur gamme de variation). Cette aide pourra notamment passer par la collecte de plusieurs variables quantitatives et qualitatives (e.g. proximité phylogénétique, taille de l'aire de répartition) à partir de bases de données préexistantes. L'efficacité de cette méthode sera testée en comparant les prédictions avec les nouvelles PLD mesurées durant le stage (en plus de la cross validation inhérente à la technique de machine learning qui sera employée).
Valorisation des résultats : Les nouvelles mesures de PLD seront intégrées à la base de PLD constituée par l'équipe, qui sera par la suite publiée afin de pouvoir servir dans toutes sortes de projets scientifiques (modélisation, écologie larvaire, aquaculture etc). La base de donnée sera également utilisées dans les modèles de dispersion larvaire qui seront mis en place par l'équipe et déboucheront sur un à plusieurs articles. Les prédictions des PLD restantes si elles sont suffisamment précises seront intégrées à la base de données, et la méthode sera également publiée. L'étudiant sera intégré dans la publication sur la base de données de PLD.
Ce stage permettra à l’étudiant(e) d’approfondir ses connaissances sur :
• En général, le fonctionnement de la recherche via l'intégration dans une équipe et un projet de recherche.
• La taxonomie des poissons tropicaux, et leur écologie (en particulier durant la phase larvaire).
• Les techniques d'otolithométrie et de manière générale les techniques de laboratoire (microscopie etc).
• Facultatif : La manipulation de bases de données sur R.
• Facultatif : Les techniques de machines learning et leur implémentation sur R.
• Facultatif : La rédaction d'un rapport scientifique (synthèse bibliographie, présentation des méthodes et des résultats).
Profil du candidat :
• Stage volontaire de licence et/ou de césure.
• Stage d'école d'ingénieur (assistant ingénieur).
• Stage de Master 1 de moins de 2 mois.
Contact : eliot.ruiz@umontpellier.fr