En France, l’espèce de palourde dominante dans les écosystèmes côtiers est actuellement la palourde japonaise (Ruditapes philippinarum). Il s’agit d’une espèce invasive qui tend à remplacer les espèces endémiques de vénéridés, la palourde européenne (Ruditapes decussatus), la palourde jaune (Polititapes aureus) et les clovisses. Dans la lagune de Thau, les palourdes et clovisses étaient abondamment présentes dans le passé (Borsa & Millet 1992, Gallois 1977). Malgré des tentatives d’introduction de la palourde japonaise dans les années 1980, il semblerait que l’espèce européenne soit toujours présente mais peu exploitée par la pêche professionnelle du fait des faibles abondances (Cepralmar 2021). Aujourd’hui, les représentants des pêcheurs évoquent l’idée d’un effondrement de ces populations de palourdes endémiques. Pour caractériser ce phénomène, un diagnostic biologique et écologique commence. Afin de mieux comprendre l’évolution de cette population de palourdes dans la lagune, il apparaît primordial de connaître la ou les espèces présentes.
Pour cela, le projet PALDIAG initié par l’Ifremer/MARBEC est une étude pilote d’ADNe mise en place en 2023, pour caractériser les espèces de palourdes présentes dans la lagune de Thau, en aquariums et in situ. Ainsi, des aquariums contenant des palourdes de chacune des deux espèces R. decussatus et R. philippinarum et en mélange ont été maintenus sur le site Ifremer de Sète, l’eau pompée et filtrée, puis l’ADN extrait, amplifié avec un marqueur ciblant plus largement les Veneroidae. In situ, 12 sites contrastés ont été choisis avec pas, peu ou beaucoup de palourdes échantillonnées lors de la campagne d’évaluation de stocks du Cepralmar (projet PALTEVA), mais aussi dans la lagune de Berre. L’ensemble des séquences est actuellement disponible. Ainsi le premier objectif du stage sera d’analyser les résultats obtenus grâce à un pipeline déjà développé et utilisable sur le cluster Datarmor de l’Ifremer, afin de caractériser la présence des différences espèces de Veneroidae des deux lagunes par cette approche moléculaire.
En parallèle, une étude plus large a été réalisée en 2022 et 2023 sur des échantillons de palourdes prélevées dans le Bassin d’Arcachon, et les lagunes de Thau et Berre, afin de caractériser la diversité intraspécifique des différentes espèces de palourdes. Actuellement, près de 300 séquences du marqueur mitochondrial COI ont été analysées et ont permis de détecter et analyser des palourdes japonaises, européennes, mais aussi la palourde jaune (Polititapes aureus). Cette étude préalable sera complétée par un échantillonnage équivalent réalisé dans le cadre de l’estimation de stocks de palourdes du Cepralmar dans la lagune de Thau. Le second objectif du stage sera donc de participer à l’obtention des séquences COI (extraction d’ADN, amplification PCR), et d’analyser le jeu de données complet. Au-delà de la caractérisation spécifique, la diversité haplotypique sera estimée et comparée avec les études précédemment réalisées en Europe (Chiesa et al., 2017 ; Cordero et al., 2014 ; 2017) afin de déterminer à quel groupe appartiennent les Veneroidae de ces zones qui n’ont que peu ou pas été étudiées.
Références
Borsa, P., Millet, B. (1992) Recruitment of the clam Ruditapes decussatus in the lagoon of Thau, Mediterranean. Estuar Coast Shelf Sci 35:289–300.
Cepralmar (2021) Suivi de mortalité de palourdes européennes dans l’étang de Thau. Rapport Intermédiaire. Sète.
Chiesa, S., Lucentini, L., Freitas, R., Nonnis Marzano, F., Breda, S., Figueira, E., Caill-Milly, N., Herbert, R. J.H., Soares, A. M.V.M Argese, E. (2017). A history of invasion : COI phylogeny of Manila clam Ruditapes philippinarum in Europe. Fisheries Research, 186, 25 35. https://doi.org/10.1016/j.fishres.2016.07.024.
Cordero, D., Delgado, M., Liu, B., Ruesink, J., & Saavedra, C. (2017). Population genetics of the Manila clam (Ruditapes philippinarum) introduced in North America and Europe. Scientific Reports, 7, 39745. https://doi.org/10.1038/srep39745.
Cordero, D., Peña, J. B., & Saavedra, C. (2014). Phylogeographic analysis of introns and mitochondrial DNA in the clam Ruditapes decussatus uncovers the effects of Pleistocene glaciations and endogenous barriers to gene flow. Molecular Phylogenetics and Evolution, 71, 274 287. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2013.11.003.
Gallois, D. (1977) Sur la reproduction des palourdes Venerupis decussata (Linné) et des clovisses, Venerupis aurea (Gmelin) de l’étang de Thau. Vie milieu XXVII:233–254.
Profil recherché :
Master 2 en cours en génétique des populations, écologie, biologie marine
Pour toute question concernant le stage, contacter Sylvie.Lapegue@ifremer.fr / franck.lagarde@ifremer.fr
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